1.分支机构盈亏情况    

当总公司实现盈利，新设置的分支机构可能出现亏损时，应当选择总分公司模式。分公司是非独立纳税人，其亏损可以由总公司的利润弥补；如果设立子公司，子公司是独立纳税人，其亏损只能由以后年度实现的利润弥补，且总公司不能弥补子公司的亏损，也不得冲减对子公司投资的投资成本。当总机构亏损，新设置的分支机构可能实现盈利时，应当选择母子公司模式。子公司不需要承担母公司的亏损，可以自我积累资金求得发展，总公司可以把其效益好的资产转移给子公司，把不良资产处理掉。总公司利用好子公司和分公司进行税务策划，可大大减轻税负。

2.享受税收优惠的情况

按照税法规定，当总机构享受税收优惠而分支机构不享受优惠时，可以选择总分公司模式，使分支机构也享受税收优惠待遇。如果分公司所在地有税收优惠政策，则当分公司开始实现盈利后，可以变更注册为子公司，享受当地的税收优惠政策，这样会收到较好的纳税效果。比如，某集团公司的分公司注册在重庆正阳工业园，不管是采用分公司的形式还是子公司的形式，都可以享受税收优惠政策。

3.分支机构的利润分配形式及风险责任问题

分公司由于不具有独立法人资格，所以不利于进行独立的利润分配。同时，分公司如果有风险及相关法律责任，可能会牵连总公司，而子公司则没有这种风险。