国税发〔2006〕187号文件的规定，房地产开发企业发生的预提费用不予扣除。根据国税发〔2009〕91号文件规定，在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。

需要注意的是，预提费用实际发生且取得合法有效凭证后，可根据支出项目按规定计入相关成本费用，并计算扣除。